从机器帝国诞生以来，矩阵一共发生过六次升级和迭代，那么通常矩阵升级是如何进行的呢？其实每次都是通过救世主推动的，每当救世主要来到代码之源时，也是机器大帝要摧毁锡安的时间节点，这一切都是架构师设计好的方程，所有的选择看似是自由意志，实际都是系统的安排。然而尼奥是一个变数，要搞清尼奥是否有选择权，或者是自由意志，必须搞清先知这个人。
先知是推动矩阵革命的引导者。她首次见到尼奥，就告诉尼奥，必须从墨菲斯和你自己中做出一个选择，这是她引导尼奥觉醒源代码的关键，同时告诉崔妮蒂，你会爱上救世主，这是在给尼奥注入“爱”的元素；第二次，她又告诉尼奥，必须去代码之源，否则锡安就会被毁灭，同时开锁匠是通往代码之源的关键人，必须去法国佬那里抢人；第三次，她为尼奥解释了自己的使命，并让尼奥去找机器大帝谈判，从而扭转矩阵与锡安的关系，而谈判的筹码是两个世界的生死。这一切看似与前五轮的系统升级一样，唯独这次她通过崔妮蒂引入“爱”的手段，引导尼奥做出了一些非理性的选择，打破了架构师的平衡，迫使机器不得不进行一场生死变革。
最悲催的是尼奥依旧没有自由意志，他命运轨迹都是先知引导形成的，是程序的另一种软控制，直到他甘心牺牲自我而战胜史密斯，那一刻，他是自由的，也拥有真实的选择权。要想弄清尼奥存在的意义，我们必须搞清矩阵的运作方式。
01矩阵升级
首先要维持矩阵正常运作，必须要保证方程的平衡，早期不管架构师将矩阵设计得多么完美，最终都会失去平衡，从而走向崩溃，那是因为矩阵中的人类不像程序那样完美，他们是有缺陷的，总会出错，总会有情绪，那些错误和情绪一旦积累过多，矩阵的方程就会失衡，那么架构师就会去再次配平方程。
先知是研究人类心智的直觉程序，她提出必须给人类一点选择权，哪怕这种选择是虚假的幻觉，也会有99%的人接受命运，这种方法是有效的，可是那1%的人一定会反抗矩阵，因此产生了与之对立的系统异常，如果对那些人不加以处理，迟早会引发灾难性后果，于是机器大帝建立了锡安，专门用来收容那些反抗矩阵的人，这群人数量虽然很少，可是如果时间太久，必定会数量猛增，所以系统会定期评估他们数量的威胁指数，一旦到达一个临界值，机械章鱼就会倾巢出动，毁灭锡安，与此同时，救世主会被先知引导入代码之源，对矩阵进行升级，所以锡安的毁灭时间，与尼奥进入代码之源的时刻是同步的。
一旦明白矩阵的运作方式，我们再重新分析剧情，就会豁然开朗。首先我们必须明白，在矩阵中的所有东西，他们的存在必须有目的，这也是系统的基本逻辑，一旦一个程序没有用处，必定会被删除，所以矩阵中的一切都有它存在的意义，只有理解了这些东西存在的意义，才能进一步明白系统的意图。
我们先列举出系统的各种人物，人类是系统最基本的元素，其次是先知、架构师和史密斯这些维护系统的程序，再就是法国佬、吸血鬼和狼人这些非法程序，还有如开锁匠和折翼天使、小女孩这些固定NPC，最后是尼奥和墨菲斯这些入侵的黑客。
尼奥进入代码之源，一定会经过三关的考验，这些考验都有它存在的目的，尼奥必须打败史密斯，这样他才能在矩阵中横行无阻；其次必须去捣毁法国佬的地下王国，抢回开锁匠；最后必须牺牲崔妮蒂，只有老一代黑客全部死亡，矩阵一直轮回的秘密才能守住。
仔细观察尼奥这一系列操作，如同刷副本一样，所有的路都是必经之路。因为尼奥如同一面镜子，他不管与什么人接触，都会自动采集这些人的源代码，因此，尼奥一旦刷完副本，不光帮系统清理了垃圾，同时将垃圾的对应代码也采集了，如此以来，只要他最终选择进入代码之源，身上的部分代码会重新注入主程序，这样以来，系统会认识到非法程序和病毒，最终对这些漏洞打上补丁，以实现自我升级，同时开始新一轮的循环。
02 非法区域
我们前面已经弄清了矩阵的基本运作，可是矩阵与机器城之间的火车站，仍旧是一个谜团。火车站是被火车人一手创建，所以他在这里拥有最高权限，任何人也无法逾越他的权限，而他又是法国佬的手下，所以火车站也是法国佬的一部分地盘，从小女孩与尼奥的对话，可以分析出，火车站是通往矩阵的非法区域，也是法国佬将非法程序走私入矩阵的渠道，所以这个法国佬绝对不简单。
法国佬是最古老的一个程序，他与架构师拥有一样的逻辑思维，都对机械决定论深信不疑，那是因为他早期是一个权限很高的测试程序，权限高到系统也无法删除他，最终他通过编译代码的手段，在系统建立了一个虚拟主机，虚拟主机就是他的地下王国，同时他也将系统删除的老程序偷渡到自己的地盘，最后不断壮大自己的势力，可是他很聪明，从不挑衅矩阵的权威，所以架构师也不再管理他，并间接利用他，让他成为回收非法程序和病毒的回收站，因为病毒和垃圾程序是矩阵难以避免的存在，既然无法彻底清理，还不如利用法国佬收集一起，再让救世主一网打尽，这就是架构师设计开锁匠的核心原因。
法国佬的地下王国和火车站都属于非法区域，是与矩阵隔离开的，所以不会扰乱矩阵的秩序，这也是法国佬能长期活下去的根本原因。所以矩阵的分工十分明确，法国佬负责回收垃圾，尼奥负责清理垃圾，史密斯负责清理觉醒的人，同时他们三方势力互相制约彼此的权利，最终形成一种动态平衡。
除此之外，机器城应该也有一群核心程序，他们是维持矩阵运行的硬件管理者，火车站的一对夫妻负责管理电厂的循环系统，类似这样的程序，应该还有很多，小女孩是他们的女儿，可是这个女孩对于系统是无用的，所以系统必须删除她，这对夫妻为了救下女儿，所以就去找法国佬做了交易，因此，才有尼奥与一家三口相遇的情景。
别看她只是一个小孩，其实她比先知都重要，先知不惜交出自己的外壳，也要将她偷渡回矩阵，而先知身边的保镖负责保护最重要的人，结局时，他一直都在小女孩身边，贴身保护她。
首先她是一个程序，可是她是一个理解“爱”的程序，这是一个与人类高度相似的程序，也就是系统一旦拥有小女孩，就不再需要矩阵去学习人类，因为小女孩本身就具有创造力，从结局她创造出的朝阳，就能证明这一点，所以矩阵第六次变革，是一次突变式进阶，一旦小女孩的思想成熟，机器与人类的关系不再是共生，而是机器的彻底独立，人类的彻底灭亡。
03机械城与锡安
首先我们必须明白，机器是没有感情的，他们的思想是纯粹理性和充满逻辑的，他们留给人类一条生路，绝不是因为仁慈，而是他们离不开人类。所以无论是矩阵，还是锡安，它们的存在都有一定的目的性，不然早都被机器删除了，永远要记住，机器的逻辑是删除一切无用的东西，所以尼奥与锡安城主那段对话，十分有深意。
老头说，这座城市的运转，全靠这些机器，这些机器维持着我们的生命，其他的机器却要消灭我们，有趣的是，它们可以给予生命，也可以结束生命。有时候我会想起，那些还跟矩阵连着的人，当我看着这些机器时，没法不去想，我们也跟这些机器连着。尼奥却说，是我们控制机器，不是机器控制我们。
这个老头可以说是人类世界最清醒的人，他对尼奥讲的这番话，是在暗示尼奥，锡安和矩阵存在的意义一样，它们都与机器相连，也都受机器支配，矩阵是一种绝对控制，锡安是一种软控制，区别在于选择，锡安的人看似有选择权，实际只是一种幻觉，这一点法国佬领悟的最透彻，选择只是有权之人给没权的人，创造的幻象。
锡安人虽然有权力随时关闭机器，甚至把机器砸得稀巴烂，可是机器一旦停转，他们将会失去热量、氧气和水，这无疑是一种自取灭亡。他们所谓的控制也是一种假象，实际是机器被动地控制着他们，然而这一切的存在都是有原因的，正如老头所言，你看那台处理水循环的机器，我压根不知道是怎么运作的，但是我却明白它运作的原因。言下之意是，在机器的掌控之内，一切的存在都有原因，绝对不会是无意义的存在，至于救世主为什么能干那些事情，一定也有原因的，那些原因就是机器的目的。
所以说，无论是锡安，还是火车站，异或是机器城，都有它存在的目的，并不是人类聪明，而是机器把目的隐藏的深。锡安之所会存在，尼奥之所以能干那些超越权限的事，都是机器的布局，甚至火车站的存在，都是机器对法国佬的放任，目的是为了系统的动态平衡，而机器城是它们的核心区域，这里根本不会让人类和非法程序染指，都是由核心程序和机器大帝掌管，章鱼哨兵守护，这里相当于主程序的硬件设施，是机器帝国核心中的核心，即便剥离锡安和矩阵，只要机器城还在，机械大帝可以采用地热能、核能和化学能，依旧可以运转帝国的系统，不过采用人体电池是一种最优选择，既能吸收一部分生物能，又能收割人类的创造力，要知道，机器是不具有革命性的创造力，他们只能在现有的理论上去优化，或者微创造，比如人类从经典力学到相对论的进阶，机器根本不具备这种创造力，如果没有人类，它们只能永远停留在信息时代，所以机器核心目的就是创造力，而非那些微乎其微的生物能。
但当矩阵第六代革命之后，人类彻底完蛋了，因为小女孩的出现，机器也具备了创造力，也拥有了人性。人类处于一个不被需要的尬境，这个世界最可怕的就是“不被需要”，一旦不被需要，按照机器的逻辑，即可会被删除。然而机器只是遵守了自己的承诺，暂时与人类和平共处，如果系统再次失去平衡，那时便是人类的灭亡之日。
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